Botanický soubor lze rozdělit na dvě části. Na herbář a na botanické pomůcky. Rok založení herbáře se datuje do roku 1956 a je zaměřen pouze regionálně. Do druhé části spadají různé botanické pomůcky.
Zoologický soubor obsahuje vesměs sběry zoologického materiálu z Chrudimska. Převážnou část souboru představují dermoplastické preparáty ptáků. Velkou část ornitologické kolekce muzeum získalo v 50. letech koupí od pardubického preparátora F. Kotka a z pozůstalosti po chrudimském preparátorovi F. Dokonalovi.
Bezobratlí živočichové jsou zastoupeni entomologickou kolekcí, obsahující 3560 ks hmyzu. V kolekci jsou zastoupeni motýli (Lepidoptera), brouci (Coleoptera), v menší míře potom blanokřídlí (Hymenoptera) a dvoukřídlí (Diptera).
Osteologický materiál čítá 323 kusů předmětů. Obsahuje fosilní pozůstatky, fragmenty kostí, rohů atd.
Kolekce zkamenělin je velmi malá. Obsahuje zkamenělé otisky rostlin a živočichů, z větší části druhohorního charakteru.
Geologická kolekce dokladuje geologické a petrografické složení území Chrudimska. Tvořena je převážně ukázkami hornin a jiných užitkových nerostů pocházejících z oblasti Železných hor a přilehlé části Českomoravské vrchoviny a z oblasti východočeského křídového útvaru na Chrudimsku.