Botanický soubor lze rozdělit na dvě části. Na herbář a na botanické pomůcky. Rok založení herbáře se datuje do roku 1956 a je zaměřen pouze regionálně. Dokumentuje flóru 20. a 21. století. Velkou zásluhu na vzniku herbářů měli především botanikové jako V. Švorc (mechorosty), V. Podroužek a R. Velátová (cévnaté rostliny).
Do druhé části – botanické pomůcky – řadíme jednak velmi malý soubor makromycet, neboli hub tvořících plodnice. Jedná se o sádrové modely hub na dřevěné podložce. V 90. letech pak muzeum získalo unikátní kolekci Arnoldiho modelů odrůd ovoce a modelů hlíz bramboru. Poslední část spadající do souboru botanických pomůcek představuje kolekce vzorků květenství a obilek odrůd obilí a kolekce semen cévnatých rostlin uložených ve skleněných ampulích.
